Bodrogkeresztúr a Bodrog folyó jobb partján, a Zempléni hegységnek az Alföldre peremlépcsőkkel leereszkedő déli részén fekszik. A községtől mintegy hét kilométerre, délkeleti irányban emelkedik a közismert tokaji Nagy-Hegy, északkeletre pedig a Tokaj-Bodrogzug Tájvédelmi Körzet terül el a Bodrog és a Tisza közötti mocsaras síkságon. A terület geológiai felépítésében a vulkáni kőzetek játsszák a legfontosabb szerepet, mint a híres keresztúri építőkövet adó, könnyen faragható riolittufa. Lényeges talajalkotók még a pleisztocén korból származó lösz, mely mezőgazdasági szempontból jelentős, és az agyagos barnaföld, ami kiválóan alkalmas szőlőtermelésre.

A település könnyen megközelíthető a Miskolc-Szerencs-Sátoraljaújhely vasútvonalon, valamint a 37-es és a 38-as közutakon, melyek a község határában keresztezik egymást.